食品安全的含義有三個層次：層食品數量安全，即一個國家或地區能夠生產民族基本生存所需的膳食需要。要求人們既能買得到又能買得起生存生活所需要的基本食品。第二層食品質量安全：指提供的食品在營養，衛生方面滿足和保障人群的健康需要，食品質量安全涉及食物的污染、是否有毒，添加劑是否違規超標、標簽是否規范等問題，需要在食品受到污染界限之前采取措施，預防食品的污染和遭遇主要危害因素侵襲。第三層食品可持續安全：這是從發展角度要求食品的獲取需要注重生態環境的良好保護和資源利用的可持續。
造成這種局面的根本原因是我們在食品安全管理中過分強調且依賴了檢測的作用。即使檢測方法很準確、檢測樣本很有代表性，但這種對產品的檢測只能是事后發現問題食品，處理問題食品，卻無法改變食品的安全性。因此，必須將食品安全檢測延伸到食品生產企業，將檢測作為工具，用于判斷生產原材料、生產環境、生產工藝、包裝材料、從業人員等各個環節是否能夠保障食品的安全。這就好比一個患者測定血糖水平，其目的不在于知曉自身的血糖高低，而在于判斷、飲食、運動等各個環節是否能夠有效地控制血糖。
微生物檢測是對食物進行衛生檢查不可或缺的工作內容，更是發現食品衛生安全問題的重要環節。在把食品加工生產出來之后，質檢人運用科學化的檢驗方法來評估食品衛生安全是否過關，通過保證檢驗質量和準確性為食品的生產者提供重要的工作依據。為維護食品行業的穩定持續與健康發展，提高人民群眾的健康水平，必須重視食品微生物的檢測，提高檢測質量。
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